Linnaa rakennettiin, korjattiin, lisärakennettiin ja käytettiin pari vuosisataa. Linna oli ainutlaatuinen rakennus Suomessa. Se purettiin Kustaa Vaasan käskystä vuonna 1528.

Nykyään Kuusiston linnan rauniot on mielenkiintoinen matkailukohde. Lisäksi se on suosittu arkeologinen kohde. Sen lähellä sijaitsee Kuusiston Kartano.