Kansallispuisto sijaitsee Länsi-Uudellamaalla ja ulottuu avomereltä aina sisäsaaristoon saakka. Kansallispuisto kattaakin kolme neljästä saaristovyöhykkeestä eli sisäsaaristo-, ulkosaaristo- ja ulkomerivyöhykkeen, eikä siihen kuulu yhtään manneraluetta, vaan vajaat 90 % puistosta koostuu vesialueista